MySQL:n historia juontaa juurensa vuoteen 1979. Silloin alkuperäisen version ohjelmistosta kehittänyt TcX-yhtiö alkoi työskennellä tietokantojen parissa ja kehitti BASIC-kielellä yksinkertaisen raportointityökalun.

1990-luvun puolivälissä suomalainen Michael Widenius ja ruotsalainen David Axmark joutuivat tilanteeseen, jossa heidän asiakkaansa pitivät alun perin Unix-ympäristössä toimivasta ohjelmasta, mutta halusivat "jotain enemmän".

Vuonna 1995 Widenius ja Axmark lähtivät kehittämään uuden tietokantaohjelman moottoria alusta lähtien. Tietokannan ensimmäinen versio näki päivänvalon vuonna toukokuussa 1996 ja sai nimekseen MySQL – ehkä Wideniuksen My-tyttären mukaan.

Liiketoimintamallin osalta Widenius ja Axmark päättivät seurata Ghostscriptin viitoittamaa tietä. Se takasi löyhemmät tekijänoikeudet, mutta esti kuitenkin laitevalmistajia myymästä kaupallisesti MySQL-palvelimia.

Lokakuussa 1996 julkaistiin MySQL:n versio 3.11.1. Se päätyi Solaris-jakelun kylkeen binäärimuodossa. Kuukautta myöhemmin Widenius ja Axmark julkaisivat binääriversion sekä avoimen koodin version Linuxille.

Ohjelmiston ohella MySQL:n menestystä on siivittänyt sen liiketoimintamalli.

Vuonna 1995 perustettu MySQL AB keskittyi tarjoamaan konsultointia, koulutusta ja muita ilmaiseksi jaettavaan tuotteeseen liittyviä palveluita.

Yritystä pidetään kuitenkin "toisen sukupolven" avoimen koodin yrityksenä, sillä se myy MySQL:stä myös maksullisia versioita.

MySQL on siis saatavilla sekä ilmaiseksi GPL-lisenssin alaisuudessa tai maksullisena versiona niille yrityksille, joiden liiketoimintamalliin GPL ei istu.

Yhtiö myy myös tilauspohjaisia palveluita, kuten MySQL:n Enterprise-versiota.